Idea utworzenia w Polsce pierwszej Federacji Akademii Wojskowych powstała pod koniec 2019 roku. Dzięki wspólnym staraniom władz Lotniczej Akademii Wojskowej w Dęblinie i Akademii Marynarki Wojennej w Gdyni oraz współpracy z Ministerstwem Edukacji i Nauki, w dniu 27 lipca 2021r., decyzją DSW-WNP.8020.1.2021.2 Ministra Edukacji i Nauki, została utworzona Federacja Akademii Wojskowych, ze skutkiem wpisania do rejestru Federacji z dniem 01 października 2021r.
Federacje obecnie tworzą dwie jednostki uczestniczące: Akademia Marynarki Wojennej oraz Lotnicza Akademia Wojskowa. Zarówno jedna jak i druga Uczelnia, mają wspólnie nakreślone cele, które z wielkim zainteresowaniem i zaangażowaniem, zamierzają osiągnąć.
Zadania jakie stoją przed Federacją, ukierunkowane na rzecz rozwoju nauki i szkolnictwa wojskowego a także na tworzeniu innowacyjnych rozwiązań z zakresu bezpieczeństwa i obronności kraju, stały się fundamentem do współpracy.